При подключении дополнительных оверлеев с помощью утилиты layman в дереве появляется много не нужных пакетов/версий. Которые могут (и такое бывает не редко) мешать другим пакетам из других оверлеев, или просто не подходить под ваши требования.
Один из постоянных посетителей LOR под ником KRoN73 подсказал удобное и простое решение. В систему подключаются необходимые оверлеи, но не делаются доступными для emerge. А по мере необходимости нужный пакет добавляется в локальное дерево симлинком.
В /etc/make.conf добавляем путь к локальному оверлею:
PORTDIR_OVERLAY="/usr/local/portage"
В дальнейшем в него будем добавлять симлинки на нужные пакеты.
В /etc/eixrc добавляем:
source /usr/local/overlays/layman/make.conf
Теперь в переменной $PORTDIR_OVERLAY находится список оверлеев, которые были подключены с помощью layman.
Теперь туда же (/etc/eixrc) добавляем строки:
ADD_OVERLAY=" /PATH/TO/YOUR/OWN/OWERLAY $PORTDIR_OVERLAY "
После таких манипуляций eix будет знать о всех пакетах в дереве и оверлеях, а emerge будет видеть только те пакеты, которые вы подключили с помощью симлинка.
Кстати хороший совет, при случае можно будет воспользоваться.