Перенос содержимого /InputDir в /StoreDir/InputDir
tar cvf - /InputDir | ssh user@server.tld 'cd /StoreDir ; tar xf -'
Перенос содержимого /InputDir в /StoreDir/backup.tar.gz
tar zcvf - /InputDir | ssh user@server.tld 'cat > /StoreDir/backup.tar.gz'
Копирование файлов по сети используя tar и ssh
Мне кажется, scp -r было бы удобнее.
Твой вариант не позволит сохранить ни каких атрибутов переносимых файлов. А вариант автора позволит сохранить всё, вплоть до даты создания.